必見！BioRubyのUbuntuへのインストール方法。

RubyはデフォルトでUbuntuに入っているけど、BioRubyは入っていない。その上、apt-get installコマンドではインストールできひんかった。そこで、ソースコードからインストールを試みてみた。

$ wget http://bioruby.open-bio.org/archive/bioruby-1.4.0

#これで、http://bioruby.open-bio.org/archiveにおいてある、bioruby-1.4.0というパッケージがとってこれるぜい♪CUIでやるなら以下にプリントスクリーンを貼っておきました☆

$ cd bioruby-1.4.0

$ tar xfz bioruby-1.4.0  #これで解答できてワンサカ、カレントディレクトリにファイルが生成するはず♪


$ pwd
/home/kappa/2011/1102/bioruby-1.4.0

$ ./configure
bash: ./configure: No such file or directory

#ウギャ！なんかようわからんことになった。



#ググッた結果以下。

ーーーーーーここからーーーーーー

bash: ./configure: No such file or directory
この意味は「./」の場所に「configure」なんてファイルもディレクトリも無いですよという意味です。「./」は通常自分がいるディレクトリの場所を表しています。
今自分がいるディレクトリに（通常ソースを解凍して出来たディレクトリ）にconfigureというファイルは無いでしょうか？
無いならばhir0さんがおっしゃっているように最初からconfigureファイルがない場合もあります。

その場合は大抵ソースを解凍した中にINSTALL、README、TODOなどのファイルがあるのでまずそれを読んでみましょう。
また解凍した中にbootstrap、bootstrap.sh、autogen.sh等のファイルがありconfigure（configure.inやconfigure.acではなく純粋にただのconfigureです）が
見当たらない場合はまず最初にbootstrapやautogen.shを実行させてconfigureファイルを自動作成する必要があります。

ーーーーーここまでーーーーーー

#なるほど。全部、configure入力しまくればいいわけではないわけね。よく勉強になりました。

#README読んでちょっと頑張ってみた。

$ ruby setup.rb

$ sudo ruby setup.rb
$ ruby setup.rb config
$ ruby setup.rb install

#これでインストールできた！！・・・・はず。。。

#テスト用のコマンドもちゃんとありました♪

$ ruby setup.rb test
Running tests...
Loaded suite test
Started
....................................................................F............F...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................FF.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Finished in 450.006201 seconds.

  1) Failure:
test_esearch_retmax_retstart(Bio::FuncTestPubmedClassMethod) [./test/functional/bio/io/test_pubmed.rb:57]:
The failure may be caused by changes of NCBI PubMed.
<35> expected but was
<20>.

  2) Failure:
test_retrieve_1id_1db(Bio::FuncTestTogoWSREST) [./test/functional/bio/io/test_togows.rb:142]:
<false> is not true.

  3) Failure:
test_libxml(Bio::TestPhyloXMLWriter_Check_LibXML) [./test/unit/bio/db/test_phyloxml_writer.rb:31]:
Error: libxml-ruby library is not present. Please install libxml-ruby library. It is needed for Bio::PhyloXML module. Unit test for PhyloXML will not be performed.
<nil> is not true.

  4) Failure:
test_libxml(Bio::TestPhyloXML_Check_LibXML) [./test/unit/bio/db/test_phyloxml.rb:29]:
Error: libxml-ruby library is not present. Please install libxml-ruby library. It is needed for Bio::PhyloXML module. Unit test for PhyloXML will not be performed.
<nil> is not true.

2564 tests, 19598 assertions, 4 failures, 0 errors




#errorは一つもなく、failureが４個出たようだ。これらに対してどう対処すればいいのか現段階ではよくわからない。


#とりあえず、気をとりなおして、BioRubyシェルを開いてみる♪♪♪

$ bioruby
Creating directory (/home/kappa/.bioruby/shell/session) ... done
Creating directory (/home/kappa/.bioruby/shell/plugin) ... done
Creating directory (/home/kappa/.bioruby/data) ... done

. . . B i o R u b y   i n   t h e   s h e l l . . .

  Version : BioRuby 1.4.0 / Ruby 1.8.7

bioruby> exit


. . . B i o R u b y   i n   t h e   s h e l l . . .

Saving history (/home/kappa/.bioruby/shell/session/history) ... done
Saving object (/home/kappa/.bioruby/shell/session/object) ... done
Saving config (/home/kappa/.bioruby/shell/session/config) ... done

#なにやら、わんさかファイルが保存されてしまっているようだ。これは解決しなければならない。biorubyを立ち上げて、閉じるつどいらないファイルが増えたんじゃかなわない笑




ちなみに、BioRubyシェルでは、BioRubyライブラリの全機能をインタラクティブに利用できるだけでなく、BioRubyの中でよく使う機能をより短いコマンドとして書くこともできるようになっている。