バックグランド補正＆正規化の方法を検討してみた♪

$ ls
GSM349024.CEL.gz  GSM349027.CEL.gz  GSM349030.CEL.gz
GSM349025.CEL.gz  GSM349028.CEL.gz  GSM349023.CEL.gz
GSM349026.CEL.gz  GSM349029.CEL.gz

$R


library(affy)
GSE13869 <- ReadAffy()　　　　#カレントディレクトリにあるすべてのセルファイルを読み込んでAffyBatchオブジェクトを生成する


source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(c("gcrma", "plier"))


library(gcrma)
library(plier)

eset.mas5 <- mas5(GSE13869)
expr.mas5 <- exprs(eset.mas5)
expr.mas5.log2 <- log2(expr.mas5)

eset.plier <- justPlier(GSE13869, normalize = T)
expr.plier <- exprs(eset.plier)

eset.rma <- rma(GSE13869)
expr.rma <- exprs(eset.mas5)

ai  <- compute.affinities(cdfName(GSE13869))
eset.gcrma <- gcrma(GSE13869,affinity.info=ai, type="affinities")
expr.gcrma <- exprs(eset.mas5)


#ちなみに


class(GSE13869)
[1] "AffyBatch"
attr(,"package")
[1] "affy"

class(eset.mas5)
[1] "ExpressionSet"
attr(,"package")
[1] "Biobase"

class(expr.mas5)
[1] "matrix"

#AffyBatch - ExpressionSet - matrix　とオブジェクトのクラスを変化させながら解析をしていることがわかる。




png("110202_normalization_comparision.png")
par(mfrow = c(3,2))
boxplot(GSE13869, main = "raw")       #AffyBatchには、直接boxplotがいける
boxplot(expr.mas5, main = "mas5")
boxplot(expr.plier, main = "plier")
boxplot(expr.rma, main = "rma")
boxplot(expr.gcrma, main = "gcrma")
dev.off()

png("110202_normalization_comparision.hist.png")
par(mfrow = c(2,2))
hist(expr.mas5, main = "mas5")
hist(expr.plier, main = "plier")
hist(expr.rma, main = "rma")
hist(expr.gcrma, main = "gcrma")
dev.off()