GEOからすでにバックグラウンド補正＆の正規化されたテキストファイルをダウンロード

GSE13869のデータをCELファイルではなく、rmaでバックグラウンド補正と正規化したのち、log2にした.txtファイルがダウンロードできる。これはとても楽だ！！このファイルを使えば、いちいちCELファイルを読み込んで重たい処理をせんでも、一気に二群差比較やらネットワーク解析に持ち込むことができる。




$ lftp ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/pub/geo/DATA/SeriesMatrix/GSE13869

cd 成功、cwd=/pub/geo/DATA/SeriesMatrix/GSE13869                                                     
lftp ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/pub/geo/DATA/SeriesMatrix/GSE13869> ls
-r--r--r--   1 ftp      anonymous  2174702 Dec 18 16:05 GSE13869_series_matrix.txt.gz
lftp ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/pub/geo/DATA/SeriesMatrix/GSE13869> get GSE13869_series_matrix.txt.gz
2174702 バイト転送済、34 秒経過 (62.4KB/s)                                                            
lftp ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/pub/geo/DATA/SeriesMatrix/GSE13869> quit

$ gunzip GSE13869_series_matrix.txt.gz   　　　　 #カレントディレクトリの.gz形式のファイルをカレントディレクトリに解凍する。

$ ls
GSE13869  GSE13869_RAW.tar  GSE13869_series_matrix.txt.gz


ls
GSE13869  GSE13869_RAW.tar  GSE13869_series_matrix.txt　　　　#解凍されている！！！