pubchemにいって、アスピリンを入力して構造式のデータをとってくる。
このとき、
1 Download SDF
2 2D SDF save
の2段階で行った。
でも、以下の用にしてもできてしまうことを発見した
$ wget http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/summary/summary.cgi?cid=2244
一般化すると
$ wget http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/summary/summary.cgi?cid=xxxx
で好きな化合物のsdfファイルがとってこれそうだ！！！
それでダウンロードしたファイルをカレントディレクトリに移動しといて、
$ head CID_2244.sdf
2244
-OEChem-02121112262D
21 21 0 0 0 0 0 0 0999 V2000
3.7320 -0.0600 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
6.3301 1.4400 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.5981 1.4400 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.8660 -1.5600 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.5981 -0.5600 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
5.4641 -0.0600 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
ここで、mol2psという、MOLファイル表示をPostscriptに出力するソフトウェアをインストールする。
$ wget http://merian.pch.univie.ac.at/pch/download/chemistry\
> /mol2ps/bin/mol2ps-latest-linux-i386.gz
$ gunzip mol2ps-latest-linux-i386.gz
$ sudo install mol2ps-latest-linux-i386 /usr/local/bin/mol2ps
よし、実際ps形式に変更してみるぞ！！
$ mol2ps CID_2244.sdf > CID_2244.ps
$ head CID_2244.ps
%!PS-Adobe-2.0
%%Creator: mol2ps 0.2, Norbert Haider, University of Vienna, 2011
%%Title: CID_2244.sdf
% the following settings were used:
% font: Helvetica 14 pt (9 pt for subscripts)
% line width: 1.0
% automatic rotation:
% 0.00� around X axis
% 0.00� around Y axis
% 0.00� around Z axis
やはりブログにはpngファイルしか貼れないのでファイル形式を変換していく。
$ sudo apt-get install gv
$ ps2pdf CID_2244.ps
$ convert CID_2244.pdf -CID_2244.png
