annotationファイルに基づいて発現変動遺伝子のプローブにアノテーションをつける方法のモデルの考察（2）

$ R
genename <- c("gene1","geen2","gene3","gene4","gene5")
genename
[1] "gene1" "geen2" "gene3" "gene4" "gene5"

expres <- c(1.1,1.2,1.9,1.7,1.8)

probename <- c("A","B","C","D","E")
probename
[1] "A" "B" "C" "D" "E"

exprelist <-cbind(genename, expres)
exprelist
     genename expres
[1,] "gene1"  "1.1"
[2,] "geen2"  "1.2"
[3,] "gene3"  "1.9"
[4,] "gene4"  "1.7"
[5,] "gene5"  "1.8"

rownames(genename) <- probename


rownames(exprelist) <- probename
exprelist　　　　　　　　　　　　　　#これがアノテーションのためのマトリックス
  genename expres
A "gene1"  "1.1"
B "geen2"  "1.2"
C "gene3"  "1.9"
D "gene4"  "1.7"
E "gene5"  "1.8"

difgenes <- c("A","C","E")　#実験でこのような発現変動プローブが出たとする（A,C,Eのプローブが発現変動を示したとする）
difgenes
[1] "A" "C" "E"

exprelist[difgenes,]　　#プローブ名を指定してやって抜き出してやる！！
  genename expres
A "gene1"  "1.1"
C "gene3"  "1.9"
E "gene5"  "1.8"



よし！！！！！発現変動遺伝子リストに遺伝子名のアノテーションをつけられたぞ！！！