Wilcoxon検定による二群比較

#データの読み込み

> f.test.data <- read.table("/home/kappa/デスクトップ/kappa/2011/1103/統計学:Rを用いた入門書/f.test.data.txt", header = T)
> f.test.data
   gardenB gardenC
1        5       3
2        5       3
3        6       2
4        7       1
5        4      10
6        4       4
7        3       3
8        5      11
9        6       3
10       5      10

> attach(f.test.data)

#標本データの概観

> png("110318.figure3.png")
> par(mfrow = c(1,2))
> hist(gardenB)
> hist(gardenc)
> hist(gardenC)
> dev.off()

> png("110318.figure4.png")
> boxplot(gardenB, main = "gardenB")
> boxplot(gardenC, main = "gardenC")
> dev.off()
null device
          1

#正規性の検定



> png("110318.figure1.png")
> par(mfrow = c(1,2))
> qqnorm(gardenB, main = "gardenB")
> qqline(gardenB)
> qqnorm(gardenC, main = "gardenC")
> qqline(gardenC)
> dev.off()


> shapiro.test(gardenB)
    Shapiro-Wilk normality test

data:  gardenB
W = 0.9529, p-value = 0.7026


> sahpiro.test(gardenC)
    Shapiro-Wilk normality test

data:  gardenC
W = 0.78, p-value = 0.008284 

#Wilcoxonの順位輪検定(gardenCの標本は正規性を示さないので)

> ozone <- c(gardenB, gardenC)
> ozone
 [1]  5  5  6  7  4  4  3  5  6  5  3  3  2  1 10  4  3 11  3 10
> label <- c(rep("B", length(gardenB)), rep("C", length(gardenC)))
> label
 [1] "B" "B" "B" "B" "B" "B" "B" "B" "B" "B" "C" "C" "C" "C" "C" "C" "C" "C" "C"
[20] "C"
> combined.ranks <- rank(ozone)
> combined.ranks
 [1] 12.5 12.5 15.5 17.0  9.0  9.0  5.0 12.5 15.5 12.5  5.0  5.0  2.0  1.0 18.5
[16]  9.0  5.0 20.0  5.0 18.5
> tapply(combined.ranks, label, sum)
  B   C
121  89

#えられた2つの値の最小値89をウィルコクソン順位和の数表にある数値と比較する。標本吸うが10,10の場合は5%値は78である。したがって、二つの標本平均には有意差が認められない。


> wilcox.test(gardenB, gardenC)

    Wilcoxon rank sum test with continuity correction

data:  gardenB and gardenC
W = 66, p-value = 0.2349
alternative hypothesis: true location shift is not equal to 0

 警告メッセージ:
In wilcox.test.default(gardenB, gardenC) :
   タイがあるため、正確な p 値を計算することができません