Biojavaのバイナリファイルのダウンロードサイトから、
・biojava-1.4.jar
・bytecode-0.92.jar
・commons-cli.jar
・commons-collections-2.1.jar
・commons-dbcp-1.1.jar
・commons-pool-1.1.jar
の合計６つのファイルをダウンロードしてきて、
Windowsでは
C:\Program Files\Java\jre7\lib\ext
にコピーします。
これでうまくいきました。
