http://www.cytoscape.org/
インストール先のパスは/Applications/Cytoscape_v2.8.3です。
#Rの起動
$ R
#igraphのロード
library("igraph")
#テストとして、頂点50個、p = 0.1の無向ランダムグラフを作成する。
g <- random.graph.game(50, p=0.1, direct=F)
png("random.graph.png")
plot(g, main = "random graph n = 50, p = 0.1")
dev.off()
#グラフのedgelistのテキストファイルへの書き出し
write.graph(g, "random-graph.txt", "edgelist")
#Rの終了
q()
#グラフのedgelistファイルの確認
$ head random-graph.txt
0 17
0 34
0 36
1 9
1 23
1 46
2 16
3 10
3 32
4 7
#cytoscapeの起動
$ open -a cytoscape
File->Import->Network from Table -> Select File(s)
でファイルを選択
Source interaction -> Column 1
Interaction Type -> Default interaction
Target interaction -> Column 2
以上です。あとはimportをクリックすればOKです。ちょっとLayoutを工夫(Circular)した最後に提示して終わります。
【参考文献】
