Ubuntu15.04へBioperlをインストール

Bioperlはプラットフォームごとに様々なインストール方法が存在する。

一番、conservativeな方法はソースコードからのビルドだが、ハマるポイントも多い。

UbuntuはAPTでパッケージとしてインストールが可能なため、それに頼るとする。

$ sudo apt-get install bioperl

こちら（http://www.bioperl.org/wiki/Getting_Started）を参考にして、テストを行う。
以下のファイルをtest.plとでも作っておく。

use Bio::Seq;
use Bio::SeqIO;

# create a sequence object of some DNA
my $seq = Bio::Seq->new(-id => 'testseq', -seq => 'CATGTAGATAG');

# print out some details about it
print "seq is ", $seq->length, " bases long\n";
print "revcom seq is ", $seq->revcom->seq, "\n";

# write it to a file in Fasta format
my $out = Bio::SeqIO->new(-file => '>testseq.fsa', -format => 'Fasta');
$out->write_seq($seq);


その後、

$ perl test.pl
$ ls      
test.pl  testseq.fsa
$ less testseq.fsa
>testseq
CATGTAGATAG

問題なく動いているようである。